Bonifacio fue establecida entre 828 y 833 por Boniface, marqués de Toscana, quien dió su nombre a la ciudad. Como todos los puertos comerciales, Bonifacio tiene una larga historia, y al curso de los siglos ha visto innumerables cambios sociales.
Bonifacio es el resultado de un conflicto entre Pisa y Genoa, que se disputaron esta ciudadela debido a su estatuto de puerto y enlace estratégico inigualado en Córcega.